Analyser les génomes bactériens

Comment analyser les génomes bactériens ?

L'analyse des génomes bactériens se fait en plusieurs étapes :

  1. Le séquençage : La première étape consiste à obtenir une séquence génomique de haute qualité. Cela peut être fait en utilisant diverses méthodes de séquençage de nouvelle génération (NGS) telles que Illumina, PacBio ou Nanopore.
  2. Assemblage : L'étape suivante consiste à assembler le génome à partir des données de séquençage. Cette opération peut être réalisée à l'aide de divers assembleurs tels que SPAdes, ABySS ou Canu.
  3. Annotation : Une fois le génome assemblé, il doit être annoté pour identifier les gènes et autres éléments fonctionnels. Ceci peut être fait en utilisant divers outils d'annotation tels que Prokka, RAST, ou MAKER.
  4. Analyse : Après l'annotation, divers outils bioinformatiques peuvent être utilisés pour analyser le génome, tels que QUAST pour évaluer la qualité de l'assemblage, Roary pour identifier les gènes principaux et accessoires, et PathoScope pour identifier les facteurs de virulence.
  5. Génomique comparative : Pour comprendre les relations évolutives du génome bactérien avec d'autres espèces apparentées, des outils de génomique comparative comme Anvi'o peuvent être utilisés pour comparer plusieurs génomes en une seule analyse.
  6. Visualisation : Enfin, divers outils peuvent être utilisés pour visualiser le génome, comme Artemis et JBrowse.
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