Enzymes de restriction et modification génétique

Bactériophages (lambda and T-even)

Le bactériophage est un virus bacterien, Le phage lambda est un phage tempéré et, par conséquent, lors de l'infection d'une cellule bactérienne, l'une des deux voies alternatives peut se produire : soit la voie lytique, dans laquelle la bactérie est sacrifiée et les phages de la descendance sont produits, soit la voie tempérée (lysogène), dans laquelle le génome du phage est réprimé et, s'il s'intègre dans le chromosome hôte, sera maintenu de façon stable dans la descendance de la bactérie survivante. Le phage a été isolé d'Escherichia coli K-12 dans lequel il résidait dans son état tempéré (prophage). Les phages T-even (T2, T4 et T6) sont des coliphages virulents, c'est-à-dire que l'infection d'une souche sensible d'E. coli entraîne la production de phages aux dépens inévitables de l'hôte. Les phages T-even partagent la caractéristique inhabituelle que leur ADN comprend de l'hydroxyméthylcytosine plutôt que de la cytosine.

Conjugaison, transfert conjugal

Le transfert de gènes par conjugaison nécessite un contact de cellule à cellule. Les plasmides conjugatifs, ou autotransmissibles, tels que le facteur F de E.coli, codent les fonctions nécessaires pour mobiliser un brin de leur ADN avec une polarité définie à partir d'une origine de transfert déterminée par une encoche spécifique. Le brin complémentaire est alors fabriqué dans la cellule réceptrice. Certains plasmides sont transmissibles mais seulement à condition de fournir en trans les fonctions nécessaires par un plasmide conjugatif. Un plasmide conjugatif, tel que le facteur F, peut mobiliser le transfert du génome bactérien après intégration du plasmide dans le chromosome bactérien.

Voie de recombinaison

Processus par lequel de nouvelles combinaisons de séquences d'ADN sont générées. Le processus général de recombinaison repose sur des enzymes qui utilisent l'homologie des séquences d'ADN pour reconnaître le partenaire de recombinaison. Dans la voie principale chez E.coli, la RecBCD génère les brins d'ADN pour le transfert et la protéine RecA favorise la synapse. L'enzyme RecBCD, également connue sous le nom d'exonucléase V, pénètre dans l'ADN par une extrémité de double brin. Elle se déplace le long de l'ADN, favorisant le déroulement des brins mais, en réponse à une séquence nucléotidique spéciale appelée Chi, elle effectue une coupure, après quoi la séparation des brins se poursuit et l'ADN simple brin avec une extrémité 3 devient disponible pour la synapse avec l'ADN homologue. In vitro, le mécanisme par lequel la RecBCD produit une extrémité d'ADN est déterminé par les conditions de réaction ; son activité en tant que puissante exonucléase est influencée par les concentrations relatives d'ATP et d'ions Mg.

ATP et l’Hydrolyse de l'ATP

L'adénosine triphosphate (ATP) est une réserve primaire d'énergie qui est libérée pour d'autres activités catalytiques lorsque l'ATP est hydrolysée (scindée) pour donner de l'adénosine diphosphate.

bacteriophagesBrognee

ADN méthyltransférases

Enzymes (MTases) qui catalysent le transfert d'un groupe méthyle de la S-adénosylméthionine donneuse à des résidus d'adénine ou de cytosine dans l'ADN.

Efficacité du placage

Cela se réfère généralement au rapport du nombre de plages sur une souche d'essai par rapport à celui obtenu sur une souche standard ou de référence.

Endonucléases

Enzymes capables de fragmenter les polynucléotides par hydrolyse de liaisons phosphodiester internes.

Escherichia coli strain K-12

La souche utilisée par Lederberg et Tatum dans leur découverte de la recombinaison dans E.coli.

Glucosylation de l'ADN

L'ADN des phages T-evenen plus du sucre pentose, le désoxyribose, contient du glucose attaché au groupe hydroxyméthyle de l'hydroxyméthyl-cytosine. La glucosylation de l'ADN est médiée par des enzymes codées par les phages, mais l'hôte fournit le donneur de glucose.

Proteomics

The study of the protein complement, or proteome, of an organism.

Helicases

Enzymes qui séparent les brins appariés de polynucléotides.

Réponse SOS

Les dommages à l'ADN induisent l'expression d'un ensemble de gènes, les gènes SOS, impliqués dans la réparation des lésions de l'ADN.

Southern transfer

Le transfert d'ADN dénaturé d'un gel vers une matrice solide, telle qu'un filtre de nitrocellulose, dans lequel l'ADN dénaturé peut être maintenu et hybridé à des sondes marquées (molécules d'ADN ou d'ARN simple brin). Les fragments préalablement séparés par électrophorèse à travers un gel peuvent être identifiés par hybridation à une sonde spécifique.

Transformation

Assimilation directe de l'ADN par une cellule, ce qui entraîne un changement génétique du receveur.